Большинство микологов считают, что грибы представляют два самостоятельных эволюционных ствола, различающихся как по морфологии, так и по биохимическим особенностям. Этим эволюционным стволам соответствуют два отдела современной системы грибов: отдел Оомикота (Oomycota), хapактеризующийся подвижными стадиями с двумя жгутиками или одним перистым жгутиком и присутствием в стенках клеток целлюлозы, как у растений, и отдел Настоящие грибы, или Эумикота (Eumycota), - с подвижными стадиями, имеющими один гладкий бичевидный жгутик или чаще не имеющие вообще подвижных стадий; целлюлоза в их клеточных стенках отсутствует, и они содержат хитин. Отделы грибов различаются также по характеру обмена и по некоторым признакам ультраструктуры клеток.
Попытки создания классификации грибов, отражающие те или иные их особенности, отражены на многих старинных рисунках и в названиях. Так, рисунок рогатика желтого имеет латинское название, передающее его строение (рамозус - ветвистый) и цвет (флавус - желтый)
Классы выделяются на основании характера органов размножения грибов, а также некоторых признаков строения их вегетативного тела. Отдел Оомикота относительно немногочислен и включает только два класса Оомицеты (Oomycetes) и Гифохитриомицеты (Hyphochytriomicetes), различающиеся количеством жгутиков и составом клеточных стенок: у второго из них в клеточных стенках наряду с целлюлозой обнаружен и хитин. Большинство грибов (более 95%) относится к отделу Эумикота, в котором выделяют пять классов:
Хитридиомицеты (Chytridiomycetes) с одноклеточным вегетативным телом или слаборазвитым мицелием и с подвижными стадиями, имеющими один бичевидный жгутик.
Зигомицеты (Zygomycetes) с хорошо развитым неклеточным мицелием и бесполым размножением спорангиоспорами; мейоспоры образуются в зародышевом спорангии.
Аскомицеты, или сумчатые грибы (Ascomycetes ), с хорошо развитым клеточным мицелием. Их мейоспоры образуются внутри специальных клеток - сумок, или асков, а митоспоры представлены конидиями.
Базидиомицеты, или базидиальные грибы (Basidiomycetes), также с хорошо развитым клеточным мицелием и бесполым размножением конидиями, однако мейоспоры образуются у них открыто на специальных клетках - базидиях.
Дейтеромицеты, или несовершенные грибы (Deuteromycetes), занимают среди грибов особое положение - размножаются только бесполым путем, конидиями. Эти грибы представляют собой "бывшие" аскомицеты или, реже, базидиомицеты, в процессе эволюции утратившие по тем или иным причинам половые спороношения. Поэтому класс Дейтеромицеты не соответствует классу в его обычном понимании - т. е. группе филогенетически близких порядков, связанных единством происхождения, а представляет разнородную в филогенетическом отношении группу - производное двух других классов.
Разобрав основные систематические группы грибов и правила номенклатуры, попытаемся найти место в системе для некоторых известных всем нам грибов - красного мухомора и сморчка обыкновенного, а также для одного из пенициллов - Penicillium chrysogenum, образующего антибиотик пенициллин.
Латинское название красного мухомора - аманита мускария,- как и названия его на многих других языках, показывают, что для мух этот гриб совсем не безразличен
Красный мухомор (Amanita muscaria), принадлежит к роду мухомор (Amanita), семейству мухоморовые (Amanitaceae) порядку агариковые (Agaricales ), классу базидиомицеты ( Basidiomycetes ) и отделу эумикота (Eumycota). Сморчок обыкновенный (Morchellaesculenta) относится к роду сморчок (Morchella), семейству сморчковые (Morchellaceae), порядку пецицовые (Pezizales), классу аскомицеты (Ascomycetes) и отделу эумикота (Eumycota). Пеницилл золотистопигментный (Penicillium chrysogenum) принадлежат к роду пеницилл (Penicillium), семейству монилиевые (Moniliaсеае), порядку гифальные, или гифомицеты (Hyphomycetales), классу дейтеромицеты (Deuteromycetes) и отделу эумикота (Eumycota).
Следует отметить, что так называемые макромицеты - грибы с крупными плодовыми телами, видимыми невооруженным глазом - это представители двух классов грибов - аскомицетов и базидиомицетов.