В основе системы любой группы лежит важнейший таксон - вид. Каждый вид характеризуется, с одной стороны, достаточно выраженной целостностью, а с другой - обособленностью от других видов. В пределах вида мы часто наблюдаем очень большую изменчивость признаков, однако между отдельными вариантами, даже сильно различающимися между собой, всегда можно найти переходы. Например, варьируют окраска шляпки у красного мухомора или белого гриба, размеры плодовых тел и спор грибов и другие признаки. Поэтому при описании видов всегда отмечают пределы варьирования их признаков. Но если мы возьмем даже близкие между собой виды, то не найдем между ними переходных форм. Одна из важнейших особенностей видов - их дискретность (прерывистость).
Каждый вид принадлежит к определенному роду. Роды состоят из видов, обладающих многими общими признаками и тесно связанных между собой родственными отношениями. Роды группируются в семейства, семейства - в порядки, порядки - в классы, классы в отделы, а отделы - в таксон наивысшего ранга - царство. Нередко вводятся и промежуточные таксоны, например в крупных и хорошо дифференцированных классах с многочисленными порядками выделяются подклассы.
Разные уровни иерархии таксонов - это не только дань удобству пользования системой, но и отражение разной степени филогенетического, эволюционного родства. Например, отделы грибов Оомикота и Эумикота - это основные эволюционные стволы в царстве грибов, различающихся по происхождению, а классы - группы порядков, представляющие основные ветви филогенетических древ грибов.
Научные названия видов, в отличие от названий всех других таксонов, состоят из двух слов, поэтому их называют бинарными, или биноминальными. Первое из этих слов - название рода, к которому принадлежит вид, а второе - видовой эпитет. Например, видовое название красного мухомора - Amanita muscaria. Amanita - это название большого рода шляпочных грибов, включающего, кроме упомянутого вида, бледную поганку и многочисленные другие мухоморы - пантерный, поганковидный, вонючий и др., a muscaria - видовой эпитет именно красного мухомора.