Классификация - это подразделение организмов на четкие, хорошо различимые группы - таксоны. Эти группы располагаются в порядке иерархии в определенно упорядоченной системе, т. е. они взаимоподчинены и имеют разные уровни - ранги. Хотя грибы и выделяют сейчас в самостоятельный таксон высшего ранга - царство, в период становления их системы их считали растениями, поэтому в системе грибов мы встречаем те же таксоны, что и у растений:
отдел;
класс;
порядок;
семейство;
род;
вид.
Для того чтобы выделить такие группы, нужно выбрать те признаки, которые их объединяют или разделяют - таксономические признаки. От выбора зависит, какой характер будет иметь созданная система, отразит ли она лишь внешнее сходство организмов или сумеет уловить их действительное родство. Часто классификация по какому-либо хорошо заметному признаку приводит к выделению очень разнородных групп, имеющих, кроме сходства по этому признаку, очень мало общего. Примером может служить классификация Плинием грибов на съедобные и несъедобные. Эта классификация, использовавшая, важный для человека признак - съедобность, ничего не говорила ни о морфологии, внешнем виде, ни о других особенностях грибов. Такие классификации, основанные на одном или немногих удобных, но произвольно взятых признаках, называют искусственными.
С развитием микологии систему грибов стали строить на совокупности признаков, но и в этом случае нередко в одну группу попадали организмы, сходные внешне, но различающиеся по происхождению. Пример этого - выделение на основании уровня развития вегетативного тела классов архимицеты и фикомицеты, принятое в систематике грибов еще 15-2 0 лет назад. Первый из них характеризуется отсутствием настоящего мицелия, а второй - хорошо развитым неклеточным мицелием. Эти классы объединили сходные эволюционные уровни организации вегетативного тела в разных филогенетических стволах грибов.
Таксономические признаки для создания системы, заслуживающей названия филогенетической, должны удовлетворять главным условиям - быть эволюционно стабильными и характеризовать родственные связи организмов. Подбор таких признаков особенно труден у грибов, палеонтологические находки которых немногочисленны и относятся преимущественно к тем периодам, когда грибы уже достигли высокого уровня организации, близкого к современному. Поэтому в отличие от растений и животных все филогенетические построения у грибов основаны на сравнительных исследованиях ныне живущих форм.
Основные таксономические признаки, используемые в систематике грибов, как и других групп организмов, - морфологические, т. е. признаки строения, включая и ультраструктуру, доступную только исследованиям при помощи электронного микроскопа. Однако набор таких признаков у многих групп грибов часто невелик, и они могут быть сходны у неродственных групп, обитающих в подобных условиях внешней среды. В связи с этим сейчас в систематике грибов широко используются и другие группы признаков - биохимические (характер обмена, образование тех или иных продуктов обмена и др.), генетические, экологические и т. д. Большое значение в последние годы придается такому признаку, как структура нуклеиновых кислот и в первую очередь ДНК, т. е. самого генетического материала.