Для лишайников питательная ценность субстрата, на котором они селятся, обычно не имеет особого значения. Но они очень чувствительны к условиям влажности, освещения и температуры. Проиллюстрировать подобное утверждение можно следующим примером: на восьмигранной мраморной колонне, стоявшей более двух веков близ замка Амбраз в Тироле, было обнаружено свыше дюжины различных видов лишайников, расположенных по граням колонны крайне неравномерно. Одни из них встречались лишь на самой теплой, южной стороне, другие на северной, третьи росли только в верхней части южной грани колонны, четвертые на южной, но внизу, вблизи поверхности земли и так далее.
Известный советский лихенолог (ученый, изучающий лишайники) X. X. Трасс приводит следующий перечень субстратов, на которых могут расти лишайники: каменистые породы (известняки, граниты, гнейсы, кварцы), кора деревьев, хвоя, листья вечнозеленых растений, мхи, гниющие древесные и растительные остатки. Их обнаруживают также на стекле, костях, коже, тряпках и другом мусоре. Такая нетребовательность к субстрату, по-видимому, объясняется тем, что фикобионты лишайников могут усваивать свободный азот воздуха. Кроме того, известный советский физиолог растений П. А. Генкель в 1936 году обнаружил в слоевищах лишайников азотобактер - бактерию, связывающую атмосферный азот. Позже, в 1973 году П. А. Генкель и Т. Т. Плотникова из слоевищ лишайника выделили, кроме азотобактера, микроорганизм из рода Бейеринкия - еще один свободноживущий фиксатор азота. Генкель считает, что лишайники обладают способностью связывать атмосферный азот или за счет сине-зеленого фикобионта, или фиксирующих азот бактерий. Этот вопрос окончательно пока не решен, так как не ясно, являются ли азотфиксирующие бактерии постоянными компонентами лишайников.
Так или иначе, но биологические особенности лишайников позволяют им заселять поверхности, непригодные для роста других растений (каменистые осыпи, песчаные грунты и т.д.). Обычно накипные лишайники появляются на таких поверхностях вслед за бактериями, микроскопическими водорослями и грибами. В течение десятков лет в результате отмирания их слоевищ происходит накопление органических веществ, то есть появляются условия для существования листоватых, а иногда и кустистых лишайников. Затем еще через многие десятки лет лишайниковый покров отмирает, уступая место наиболее неприхотливым высшим растениям. Так происходит постепенное освоение растениями "безжизненных" пространств, возникших в результате оползней, землетрясений, таяния ледников.